行政保护和司法保护的双重是我国知识产权法律保护制度的一个特点，有人称之为知识产权保护的“双轨制”。《条例》第24条规定，某些软件著作权侵权行为，“同时损害社会公共利益的，由著作权行政管理部门责令停止侵权行为，没收违法所得，没收、销毁侵权复制品，可以并处罚款；情节严重的，著作权行政管理部门并可以没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备等。” 对计算机软件著作权规定这样的行政保护非常重要，当事人应当充分利用，不要重司法保护而轻行政保护，而应当行政保护和司法保护并重。此外，《条例》第31条还规定：“软件著作权侵权纠纷可以调解。软件著作权合同纠纷可以依据合同中的仲裁条款或者事后达成的书面仲裁协议， 可以直接向人民法院提起诉讼。”对于计算机软件著作权纠纷，当事人应当积极地寻求调解加以解决；也可以依据仲裁协议申请仲裁；并可以在“或裁或审”的原则下向人民法院提起诉讼。事实上，法律赋予了当事人解决此类纠纷的四种途径，当事人应当充分认识并加以运用，从而在计算机软件著作权法律保护的制度中建立起适应当代时代特征的一套“多元化纠纷解决机制”。委托律师后，律师依法、依照自己的调查手段先行调查，然后律师再进行谈判前的设计或诉讼前的设计，最后决定律师谈判手段和诉讼技巧等实施方案，最终达到代理委托人（当事人）向对方索赔的目的。
